O Instituto Mário Penna teve o seu primeiro Programa de Residência Médica aprovado pela Comissão Nacional de Residência em 2001, na especialidade de Clínica Médica.
A partir daí, através do empenho e capacitação do seu Corpo Clínico, da excelência dos serviços oferecidos pela Instituição e do apoio essencial das diretorias das suas unidades, o Instituto foi também reconhecido e credenciado a formar novos médicos nas especialidades de Anestesiologia, Cancerologia Cirúrgica, Cancerologia Clínica, Cardiologia, Cirurgia de Cabeça e Pescoço, Cirurgia Geral, Hematologia e Hemoterapia, Mastologia, Medicina Intensiva, Radioterapia e, Urologia.
O Programa de Residência Médica do Instituto Mário Penna também possui o curso de formação em Ginecologia Oncológica, pioneiro no Brasil e referência para todos os serviços afins.
Desde a primeira Residência Médica criada, foram formados cerca de 500 novos especialistas que carregam o nome do Instituto Mário Penna, levando consigo o conhecimento adquirido e, principalmente, uma formação humanizada por todo o país.
A procura cada vez maior das faculdades espalhadas por todo o Brasil aos programas ofertados, refletem sua a relevância, com um número ascendente de candidatos que lutam todos os anos por uma vaga no Instituto Mário Penna.